Köyün yeri hakkındaki ilk bilgilere Piri Reis’in Kitab-ı Bahriye’sinde rastlıyoruz. Kitab-ı Bahriye’de bir burnun ucunda yer alan Emek Yemez Baba adlı bir velinin kabrinden bahsetmektedir. Yaygın rivayet, “yöre halkının korsanlardan korunmak üzere sultan III. Ahmed’e başvurarak burada bir kale yapılmasını istedikleri, bunun sonucu başlayan kalenin inşaatında mahkûmların çalıştığı, kalenin inşaatı bitince tüm mahkûmların özgürlüklerine kavuştukları yönündedir.”
Bir başka rivayet; “köyün önünde zorunlu olarak rüzgâr yüzünden demirleyen Osmanlı gemilerinde, ermiş bir zat olarak tanınan Sultan Baba vefat ederek buraya gömülür, daha sonraki denizciler buradan geçerken Bababurnu ismini takarlar” şeklindedir. Araştırmacılar, Babakale Köyü’nü Lale Devri’nin ünlü sadrazamı Nevşehirli Damat İbrahim Paşa’nın damadı olan Kaptan-ı Derya Kaymak Mustafa Paşa ile ilişkilendirirler. Gelibolu doğumlu olan paşanın günümüze gelebilen vakfiyesinden, Mustafa Paşa’nın, kalenin içinde hamam ve cami, dışında ise hamam, cami dükkânlar ve evler ile limanda binalar yaptırdığı anlaşılıyor.
Günümüzde kalenin dışında bir cami, hamam ve çeşmeler görülebilmekte, diğer yapılardan ise pek bir şey kalmamıştır. Mevcut yapılarda yer alan kitabelerde, köy ve yapılar hakkında bilgiler verilmektedir.